המשרד להגנת הסביבה מעניק תקן של בית ספר ירוק או גן ירוק למוסדות חינוך העומדים בסטנדרטים סביבתיים.
במועצה שלושה בתי ספר שהוסמכו כירוקים, ועוד כעשרים גנים ירוקים.
יובלי הנגב בגבעות בר – בית ספר ירוק מתמיד! יוגש השנה תש"פ לירוק עד
נווה במדבר בחצרים – בית ספר ירוק
ניצני הנגב בבית קמה- בית ספר ירוק. יוגש השנה לירוק מתמיד!
בין גני המועצה שהוסכמו כגנים ירוקים:
כרמים גן חצב, דביר גן עפרוני, דביר גן סלעית, בית קמה גן שיבולים, בית קמה גן אלומה, בית קמה גן זית, שובל גן צפית, שובל גן תות, משמר הנגב גן פקאן, משמר הנגב גן רימון, חצרים גן רקפת, חצרים כלנית, יחדיו גן תות, יחדיו גן שקד, גבעות בר גן גורן, גבעות בר גן אסיף (בתהליך), גבעות בר גן קציר (בתהליך), גבעות בר גן אלומים (בתהליך).
בתי הספר הירוקים מחוייבים לנושא הקיימות, החל מהסמכה ולמידה של צוות המורים, דרך לימוד התלמידים ועד לפעילות בתוך בית הספר והקהילה.
בתי ספר ירוקים משיגים מטרות רבות, החל מכיוון התלמידים לאחריות ואכפתיות לסביבה ולקהילה, הגברת המודעות הסביבתית, תחומי ידע חדשים ומעמיקים, וכן ביניהם שיפור האווירה הבית סיפרית ומראה בית הספר, עליה ברמת ההישגים הבית ספריים, יצירת זיקה בין התלמיד ליישוב, צמצום הפסולת והבראה לסביבה נקייה, מיתוג בית הספר וקבלת סיוע כספי מהמשרד להגנת הסביבה והמועצה האזורית.